员工拿走公司大部分项目款通常涉及违法，具体需结合行为目的和方式判断。

以下分情况详细说明：
1. 若员工以非法占有为目的，利用职务便利将项目款占为己有，可能构成职务侵占罪。
2. 若员工未经公司许可，擅自挪用项目款归个人使用或借贷给他人，数额较大且超过三个月未还，或进行营利活动、非法活动，可能构成挪用资金罪。
3. 若员工因项目结算纠纷等原因临时扣留，但无非法占有或挪用意图，且及时与公司沟通，可能属于民事争议，但仍需承担返还责任。
员工拿走公司大部分项目款是否违法需结合行为性质判断，可能涉及刑事犯罪或民事侵权。

以下分情况详细说明：
1. 若存在“以非法占有为目的，利用职务便利将项目款占为己有”的情况：员工的行为可能构成《刑法》第二百七十一条规定的职务侵占罪，需承担刑事责任，公司可追究其返还财产及赔偿损失的责任。
2. 若存在“未经公司许可，擅自挪用项目款归个人使用或借贷给他人”的情况：员工的行为可能构成《刑法》第二百七十二条规定的挪用资金罪，即使后期归还，若符合“数额较大、超过三个月未还”或“进行营利活动、非法活动”的条件，仍需承担刑事责任。
3. 若存在“因项目纠纷临时扣留但无非法占有/挪用意图”的情况：员工的行为虽不构成刑事犯罪，但属于民事侵权，需承担返还项目款及赔偿利息损失的民事责任。
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员工拿走公司大部分项目款的行为，可依据《刑法》和《民法典》的相关规定明确其违法性。

法律依据分析：
1. 《刑法》第二百七十一条（职务侵占罪）：“公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。”员工作为公司工作人员，若利用管理、经手项目款的职务便利，将项目款非法占为己有，即符合该罪构成要件。
2. 《刑法》第二百七十二条（挪用资金罪）：“公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑；数额特别巨大的，处七年以上有期徒刑。”员工擅自挪用项目款归个人使用，符合上述“数额较大、超过三个月未还”等条件的，构成该罪。
3. 《民法典》第一百二十二条（不当得利）：“因他人没有法律根据，取得不当利益，受损失的人有权请求其返还不当利益。”即使员工不构成刑事犯罪，若其无合法依据占有项目款，公司可依据该条要求返还。

适用结论：员工拿走公司大部分项目款的行为，若符合职务侵占罪或挪用资金罪的构成要件，需承担刑事责任；若不构成刑事犯罪，也需承担返还项目款的民事责任。
针对员工拿走公司大部分项目款的问题，以下是实用的行动建议：

1. 立即固定证据：第一时间收集项目款的财务记录（如转账凭证、发票、项目合同）、员工经手项目款的证明（如授权文件、工作记录）、员工与公司的沟通记录（如邮件、聊天记录），确保证据的完整性和真实性，为后续追责提供依据。
2. 及时内部沟通：安排公司管理层或法务人员与员工沟通，明确要求其返还项目款，同时了解员工的动机（如是否存在纠纷、是否有挪用/占有意图），并做好沟通记录，若员工承认错误并承诺返还，可签订书面还款协议。
3. 寻求法律帮助：联系专业律师，分析员工行为的性质（刑事或民事），评估追责的可行性，律师可协助起草法律函件、指导证据收集，或代理后续的刑事报案、民事诉讼。
4. 考虑报案或诉讼：若员工拒绝返还且行为涉嫌刑事犯罪，向公安机关报案；若属于民事纠纷，可向法院提起诉讼，要求返还项目款及赔偿损失。

选择解决方案的评判标准：优先考虑员工是否有返还意愿、项目款的数额大小、证据的充分性，若员工有返还意愿且数额较小，可协商解决；若涉嫌刑事犯罪或数额较大，应及时报案或诉讼。

若您需要进一步分析员工行为的具体性质，或制定详细的追责方案，欢迎向我咨询。

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